Izvajalci presejalnih programov so izvajalci zdravstvene dejavnosti, ki dejavnost opravljajo v mreži javne zdravstvene službe, in drugi izvajalci zdravstvene dejavnosti, ki jih na podlagi javnega razpisa izbere minister za zdravje in z njimi sklene pogodbo o opravljanju zdravstvenih storitev. Izvajalci lahko testirajo na svojem sedežu ali izven njega kot mobilna enota.
Stroške omenjenih presejalnih programov v skladu z uredbo nase prevzame država. Izvajalci programa namreč račun za storitev izdajo neposredno Zavodu za zdravstveno zavarovanje Slovenije oz. ministrstvu za zdravje.