Pod njegovim poveljstvom je vojska zagrešila številne vojne zločine. Osrednja dogodka med vojno v BiH, za katera je bil Mladić na haaškem Mednarodnem sodišču za vojne zločine na območju nekdanje Jugoslavije (ICTY) 22. novembra 2007 obsojen na dosmrtni zapor po osebni in poveljniški odgovornosti, sta obleganje Sarajeva od maja 1992 do avgusta 1995, v katerem je umrlo več kot 12.000 civilistov, ter zavzetje in genocid v Srebrenici ob meji s Srbijo, v katerem so sile bosanskih Srbov ubile več kot 8000 Bošnjakov.
Že vse od prihoda v pripor naj bi ga mučilo slabo zdravje. Ko je bil še na begu, naj bi doživel najmanj dve možganski kapi, nato pa še v priporu srčni infarkt, kasneje je imel še nevrološke in druge kardiovaskularne težave. Njegovi odvetniki so na podlagi njegovega slabega zdravja zanj večkrat zahtevali predčasni izpust. Nazadnje so prošnjo vložili 18. avgusta, mehanizem za mednarodna kazenska sodišča v Haagu, ki je nasledil ICTY, pa je jo je danes zavrnil.
